To 2000 η Εταιρεία ξεκίνησε να υποστηρίζει οικονομικά ερευνητικά προγράμματα και διδακτορικές διατριβές, προκειμένου ιατροί Παθολόγοι Ογκολόγοι ή ερευνητικές ομάδες σε συνεργασία με Παθολόγο Ογκολόγο να εκπονήσουν επιστημονικές εργασίες σε εγκεκριμένα κέντρα της Ελλάδας με γνωστικό αντικείμενο την κλινική και βασική μεταφραστική έρευνα στην Παθολογική Ογκολογία. Η οικονομική υποστήριξη των ερευνητικών πρωτοκόλλων που πραγματοποιούνται στην Ελλάδα, δημιουργήθηκε στο πλαίσιο της προσπάθειας για την ενίσχυση της εργαστηριακής/ βασικής έρευνας στην ογκολογία.

Ο θεσμός των υποτροφιών θεσπίστηκε από την ΕΟΠΕ το 1999 και πραγματοποιείται στο πλαίσιο της στρατηγικής της Εταιρείας για ενίσχυση και υποστήριξη νέων ογκολόγων που επιθυμούν να μετεκπαιδευτούν/ εξειδικευθούν στο εξωτερικό. Η χορήγηση των υποτροφιών της ΕΟΠΕ γεννήθηκε από την ανάγκη για οικονομική ενίσχυση των νέων επιστημόνων, προκειμένου να μετεκπαιδευτούν σε γνωστά κέντρα της Ευρώπης ή των ΗΠΑ με γνωστικό αντικείμενο την κλινική ή εργαστηριακή ογκολογία. Μία υποτροφία μπορεί να έχει διάρκεια 3, 6, 9 ή 12 μήνες και ολόκληρη η διαδικασία χορήγησής της περιλαμβάνεται στον Εσωτερικό Κανονισμό Υποτροφιών.