Ο θεσμός των υποτροφιών θεσπίστηκε από την ΕΟΠΕ το 1999 και πραγματοποιείται στο πλαίσιο της στρατηγικής της Εταιρείας για ενίσχυση και υποστήριξη νέων ογκολόγων που επιθυμούν να μετεκπαιδευτούν/ εξειδικευθούν στο εξωτερικό. Η χορήγηση των υποτροφιών της ΕΟΠΕ γεννήθηκε από την ανάγκη για οικονομική ενίσχυση των νέων επιστημόνων, προκειμένου να μετεκπαιδευτούν σε γνωστά κέντρα της Ευρώπης ή των ΗΠΑ με γνωστικό αντικείμενο την κλινική ή εργαστηριακή ογκολογία. Μία υποτροφία μπορεί να έχει διάρκεια 3, 6, 9 ή 12 μήνες και ολόκληρη η διαδικασία χορήγησής της περιλαμβάνεται στον Εσωτερικό Κανονισμό Υποτροφιών.